La historia de la Orden Franciscana Seglar se remonta al 6 de agosto de 1909, con el descenso por el puerto de Santo Domingo de los frailes: Pedro de Castro del Río, fundador de la misión Venancio de ECUA, Cristóbal de Úbeda, Joaquín de San Lucas de Barrameda y Anselmo de Benameji, a petición e insistencia de Monseñor Adolfo Alejandro Nouel (Arzobispo Metropolitano de Santo Domingo de la época). Fueron aloja- dos durante ocho días en el convento imperial Santo Domingo, hoy Santo Tomás de Aquino, para luego ser trasladados al Hospital de los Leprosos, ubicado en San Lázaro. Allí los frailes no solo atendían a los enfermos de lepra sino también a los niños pobres de las comunidades de San Miguel y San Lázaro.
Fray Pedro María de Castro del Río, también conocido como Francisco María de Castro (Nombre religioso), fue el responsable de la restauración del templo, como muestra del desempeño de sus tantos carismas. Fray Pedro se encarga del nacimiento de una venerable Orden Tercera, de Penitencia de San Francisco de Asís, erigiéndola canónicamente el 04 de octubre de 1914. Esta Orden Franciscana fue constituida bajo la advocación divina de la Divina Pastora de las Almas, de la que era fiel devoto. Esta imagen, nombrada también como Patrona de la Misión Capuchina fue traída de España un 6 de mayo. De Castro también era devoto de la Inmaculada Concepción, considerada Patrona de la Orden en todo el mundo. Las primeras hermanas profesas fueron: Doña Antonia Geraldino Vda. Mieses, Srta. Rosario Mieses Geraldino, Srta. Clementina Mieses Geraldino y Srta. Amalia Mieses.
El carisma franciscano fue creciendo y motivando a personalidades de la sociedad dominicana a pertenecer a la venerable Orden Tercera, llegando a profesar aproximadamente 500 hermanos. Este auge llevó a los Frailes Capuchinos a fundar fraternidades en las iglesias Santa Bárbara, San Carlos Borromeo y muchas más, no solo en la capital, sino en
lugares del interior del país, estando presentes en las Arquidiócesis de Santo Domingo y Santiago y en las Diócesis de San Juan de la Maguana, San Pedro de Macorís, Ntra. Sra. de la Altagracia, San Francisco de Macorís y La Vega.
Entre los Frailes Capuchinos que más trabajaron en la extensión de la venerable Orden Tercera cabe destacar a: P. Antonio Fantino Falco, Crispín de Alcalá, Justo de Berja, Miguel Carretero y Salamanca, Antanasio, Florencio, Balbino María de Hornachuelos y Esteban.
Hoy, son palpables los beneficios espirituales dejados como legado de los hermanos ejemplares idos a la casa del Padre: Rafael Hall Guzmán (Primer Ministro Nacional), Emma García, María Sánchez, Hna. Bonet- ti, Máximo Lafontaine, Hno. Ricardo Taveras, Inocencia Sosa, Ramona Genao de Alberto y Lic. Harmodio Jiménez. Han pasado por el ministerio de esta fraternidad de la Divina Pastora y estamos aún juntos las hermanas Virginia Zarzuela de Rincón, Elsa Soriano, Lucía Castillo e Idaliza Alberto.
La Misión de la Orden Franciscana Seglar es construir una sociedad más justa, fraterna y solidaria, siguiendo a Nuestro Señor Jesucristo a ejemplo de San Francisco de Asís, mediante un trabajo de promoción del hombre y su dignidad, en la observancia de la Regla, las Constituciones y los Estatutos Nacionales.